Análise da estrutura secundária de um peptídeo analgésico inovador TAT-QYP usando dinâmica molecular (2022)
- Authors:
- USP affiliated author: BARZOTTO, DOMENICO RIOLFI - FCF
- School: FCF
- Subject: PEPTÍDEOS
- Keywords: dinâmica molecular; estrutura secundária,
- Language: Português
- Abstract: O peptídeo QYP (QAPPVYLDVLG) foi planejado a partir de um fragmento da proteína Quinase Receptora de Tropomiosina (TrkA), com o intuito de desenvolver um anestésico inovador. Para que alcance seu alvo, a proteína Fosfolipase Cγ (PLCγ), localizada no citoplasma, fundiu-se o peptídeo TAT (GRKKRRQRRRPQ), um conhecido Peptídeo Penetrador de Membrana (PPM), com o peptídeo QYP. Partindo desses estudos, a investigação objetivou, utilizando simulações de Dinâmica Molecular e Dicroísmo Circular, compreender a estrutura secundária do peptídeo TAT-QYP em água e em membranas de 1-palmitoil-2-oleoil-sn-glicero-3-fosfocolina (POPC) e (2-(9Z-Octadecenoil)-sn-Glicero-3-fosfoglicerol) POPG. O resultado deste esforço pode trazer informações relevantes para o desenvolvimento de novos peptídeo-fármacos. Sabe-se que o TAT é desordenado e que a sequência do QYP também parece apontar para isso. Portanto, para os cálculos de Dinâmica Molecular do peptídeo, testamos diferentes Campos de Força (CF), desenvolvidos para previsão de estrutura secundária de proteínas desestruturadas, nomeadamente o a99SB-disp e o c36m. Para evitar um viés confirmatório da hipótese da ausência de estrutura, escolheu-se, também, um campo de força não parametrizado para estruturas desordenadas, o ff99SB-ILDN-NMR. Como a porção TAT e a porção QYP aproximaram-se, pode-se concluir que o peptídeo tem maior probabilidade de se encontrar como laço, com grande porcentagem de resíduos desordenados. Isso, de acordo com nossos resultados de CD, ocorre tanto em água quanto em membrana. Diferentemente do TAT-pQYP, sua contraparte ativa e fosforilada, o peptídeo TAT-QYP não tem hélice de poliprolina. Confirmamos por medidas de potencial zeta que o peptídeo interage com membranas modelo, mesmo que não haja mudança de conformação. As ttécnicas experimentais usadas não permitiram validar CFs, apontando para a necessidade de investigar o sistema usando, por exemplo, Ressonância Magnética Nuclear
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ABNT
BARZOTTO, Domenico Riolfi. Análise da estrutura secundária de um peptídeo analgésico inovador TAT-QYP usando dinâmica molecular. 2022. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação) – Faculdade de Ciências Farmacêuticas, Universidade de São Paulo, São Paulo, 2022. Disponível em: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/596ef439-152a-4cbe-b2cc-475c4042f5d6/3138070.pdf. Acesso em: 01 maio 2024. -
APA
Barzotto, D. R. (2022). Análise da estrutura secundária de um peptídeo analgésico inovador TAT-QYP usando dinâmica molecular (Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação). Faculdade de Ciências Farmacêuticas, Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/596ef439-152a-4cbe-b2cc-475c4042f5d6/3138070.pdf -
NLM
Barzotto DR. Análise da estrutura secundária de um peptídeo analgésico inovador TAT-QYP usando dinâmica molecular [Internet]. 2022 ;[citado 2024 maio 01 ] Available from: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/596ef439-152a-4cbe-b2cc-475c4042f5d6/3138070.pdf -
Vancouver
Barzotto DR. Análise da estrutura secundária de um peptídeo analgésico inovador TAT-QYP usando dinâmica molecular [Internet]. 2022 ;[citado 2024 maio 01 ] Available from: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/596ef439-152a-4cbe-b2cc-475c4042f5d6/3138070.pdf
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