Análise do metabolismo do triptofano por meio do sequenciamento RNA single-cell (2022)
- Authors:
- USP affiliated author: FERREIRA, LUCAS KAORU KOBO - FCF
- School: FCF
- Subjects: IMUNOGENÉTICA; MELANOMA; METABOLISMO
- Language: Português
- Abstract: Introdução: O câncer é a segunda principal causa de morte no mundo, estima se que ocorram cerca de 9.6 milhões de mortes por ano. Assim, o estudo da sua fisiopatologia permite o desenvolvimento de novas estratégias e alvos terapêuticos. Nesse contexto, o metabolismo do triptofano vem sendo associado com o desenvolvimento de tumores por meio do suporte na proliferação das células e evasão do sistema imune. Assim, uma melhor elucidação da correlação entre esses metabólitos e as populações celulares no microambiente tumoral pode auxiliar no entendimento da progressão tumoral Objetivos: O principal objetivo deste trabalho foi investigar as correlações entre o metabolismo do triptofano e o microambiente tumoral do melanoma. Materiais e métodos: Foram utilizadas ferramentas informáticas voltadas para a análise de dados de sequenciamento de RNA single-cell, além da pesquisa bibliográfica conduzida em portais como PubMed e SciElo. Os dados foram obtidos do repositório público GEO, sob os códigos GSE 120446 para as 20 amostras de medulas óssea humanas saudáveis e GSE 115978 para as 33 amostras de melanomas humanos. O pré-processamento de dados foi feito utilizando funções do pacote Seurat em linguagem R, bem como as análises downstream utilizaram pacotes Seurat, Clustree e ggplot2 para a geração de imagens e análises de expressão diferencial. Resultados: Foram encontradas e identificadas 26 populações/subpopulações celulares nos dados integrados de medula ossea e melanoma, bem como marcadores celulares para essas populações. Foram desenvolvidas boas práticas na análise de scRNA-seq de células em proliferação, bem como estabelicido o uso de medulas osseas como controle a fim de comparação com microambientes tumorais. Foram sugeridascorrelações entre genes, enzimas e metabólitos do triptofano com o desenvolvimento de melanomas, bem como possíveis alvos terâpeuticos relacionados com o metabolismo do triptofano. Além disso, foram encontrados 129 marcadores celulares presente nas células das amostras de melanoma, com possíveis correlações na fisiopatologia da progressão tumoral. Conclusão: Apesar da semelhança entre o microambiente tumoral e a medula óssea, os tumores expressam genes que auxiliam o desenvolvimento tumoral. Dentre esses genes estão os envolvidos no metabolismo do triptofano. Foram encontrados genes que sugerem a ativação das vias KYN e TRY, a despeito da via SER, que se encontra suprimida. Esses genes encontrados, relacionados com enzimas responsáveis pela formação de metabólitos, são possíveis alvos terapêuticos. Além disso, também foram encontradas expressões que sugerem uma desregulação da atividade respiratória das células do microambiente tumoral e reforçam a hipótese da simbiose metabólica e glutaminólise
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ABNT
FERREIRA, Lucas Kaoru Kobo. Análise do metabolismo do triptofano por meio do sequenciamento RNA single-cell. 2022. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação) – Faculdade de Ciências Farmacêuticas, Universidade de São Paulo, São Paulo, 2022. Disponível em: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/a1663728-e960-49a8-918c-8d0c30ac525a/3136121.pdf. Acesso em: 09 maio 2024. -
APA
Ferreira, L. K. K. (2022). Análise do metabolismo do triptofano por meio do sequenciamento RNA single-cell (Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação). Faculdade de Ciências Farmacêuticas, Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/a1663728-e960-49a8-918c-8d0c30ac525a/3136121.pdf -
NLM
Ferreira LKK. Análise do metabolismo do triptofano por meio do sequenciamento RNA single-cell [Internet]. 2022 ;[citado 2024 maio 09 ] Available from: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/a1663728-e960-49a8-918c-8d0c30ac525a/3136121.pdf -
Vancouver
Ferreira LKK. Análise do metabolismo do triptofano por meio do sequenciamento RNA single-cell [Internet]. 2022 ;[citado 2024 maio 09 ] Available from: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/a1663728-e960-49a8-918c-8d0c30ac525a/3136121.pdf
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