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Análise bioinformática das cópias do transposon não-LTR Perere-3 no genoma de Schistosoma mansoni (2019)

  • Authors:
  • USP affiliated author: SILVA, PEDRO DE CARVALHO BRAGA ILIDIO - IFSC
  • School: IFSC
  • Subjects: BIOINFORMÁTICA; SCHISTOSOMA MANSONI; GENOMAS
  • Language: Português
  • Abstract: A quantificação da transcrição individual de sequências repetitivas, a exemplo de elementos de transposição, no genoma de um organismo geralmente se mostra uma tarefa complicada, visto que a alta taxa de ambiguidade não permite alinhamentos de reads de RNA-Seq específicos a cada uma delas. Em 2005, foi descrito um transposon do tipo não-LTR no genoma de Schistosoma mansoni , denominado Perere-3, com a incomum propriedade de produzir uma região 3’-UTR que se apresentava distinta em cada cópia do elemento (DEMARCO et al ., 2015). Tal efeito deve-se a ausência de um sinal endógeno de término de transcrição, que leva à transcrição de uma região downstream a cada cópia. Nossas análises sugerem que, apesar da transcrição dessa região variável, ela não é reincorporada ao genoma no processo de reinserção do transposon, visto que tais regiões tendem a não se repetir na extremidade das cópias do Perere-3. Desta maneira, é possível utilizar essa região variável como uma sonda para monitorar individualmente o nível de transcrição (RPKM) de cada cópia, por meio do mapeamento e contagem de reads de RNA-Seq. Procurou-se, então, no presente trabalho, avaliar de que forma estão distribuídos os valores de RPKM entre as cópias, bem como investigar a influência de genes próximos a elas em sua atividade transcricional. Observou-se que ao menos 15% das cópias aparentam ser inativas, não apresentando indícios de transcrição, e que a grande maioria delas se mostra incompleta. Há também fortes evidências de que cópias sobrepostas a genes têm transcrição mais intensa e coordenada com eles, sugerindo que uma grande proporção das cópias, na verdade, faz parte de transcritos gênicos. Nota-se também coordenação da transcrição entre cada cópia e seu gene vizinho de maneira dependente da distância entre os dois. Isso sugere que efeitos de remodelamento de cromatina derivados da expressão dos genes vizinhos podemestar influenciando a expressão de elementos de transposição
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    Versão PublicadaPedro de Carvalho Braga I...Direct link
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    • ABNT

      SILVA, Pedro de Carvalho Braga Ilídio; DE MARCO, Ricardo. Análise bioinformática das cópias do transposon não-LTR Perere-3 no genoma de Schistosoma mansoni. [S.l: s.n.], 2019.
    • APA

      Silva, P. de C. B. I., & De Marco, R. (2019). Análise bioinformática das cópias do transposon não-LTR Perere-3 no genoma de Schistosoma mansoni. São Carlos.
    • NLM

      Silva P de CBI, De Marco R. Análise bioinformática das cópias do transposon não-LTR Perere-3 no genoma de Schistosoma mansoni. 2019 ;
    • Vancouver

      Silva P de CBI, De Marco R. Análise bioinformática das cópias do transposon não-LTR Perere-3 no genoma de Schistosoma mansoni. 2019 ;

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