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Validação por PCR quantitativo da variação do nível de expressão de RNAs longos não-codificadores de proteínas entre os diferentes estágios do ciclo de vida do parasita Schistosoma mansoni (2017)

  • Authors:
  • USP affiliated authors: LAVEZZO, GUILHERME MIURA - FCF
  • Unidades: FCF
  • Sigla do Departamento: Farmácia-Bioquímica
  • Subjects: SCHISTOSOMA MANSONI
  • Language: Português
  • Abstract: INTRODUÇÃO: A esquistossomose, causada pelo parasita Schistosoma mansoni, é a mais prevalente das doenças tropicais negligenciadas, perdendo apenas para a malária. Recentemente, por estudos bioinformáticos, o nosso grupo verificou a presença de 7029 lincRNAs e 402 lncRNAs antissenso (long non-coding RNA antissenso) em 88 ensaios de transcriptoma (RNA-Seq), em diversos estágios evolutivos do parasita (Vasconcelos et al., 2017). É a primeira vez que foram descobertos, em larga escala, lincRNAs com potencial funcional no parasita Schistosoma mansoni. OBJETIVO: Foram encontrados 181 lincRNAs possuindo as quatro evidências de serem transcritos funcionais. Assim, o trabalho desenvolvido aqui se foca em validar por Reverse Transcription-qPCR os achados das análises dos dados de RNA-Seq por meio de ferramentas de bioinformática, ou seja, validar a existência e expressão diferencial dos lincRNAs em diferentes estágios do ciclo de vida de Schistosoma mansoni e apontar suas possíveis funções exercidas. MATERIAIS E MÉTODOS: Todo os parasitas foram obtidos da cepa BH de S. mansoni mantidos nos hospedeiros definitivo e intermediário, respectivamente: hamster-sírio (Mesocricetus auratus) e o caramujo da espécie Biomphalaria glabrata. Para obtenção de vermes adultos os hamsters foram perfundidos após sete semanas de infecção com a respectiva coleta dos vermes pela veia porta hepática, enquanto para a obtenção de esquistossômulos, as cercárias foram transformadas mecanicamente (Basch, 1981) com a perda de suas caudas. A extração de RNA foi realizada com a trituração dos diferentes estágios do parasita, seguido do protocolo de extração de RNA da Qiagen Mini/Micro RNeasy Kit, com adaptações. Foram escolhidos e desenhados pares de primers para 26 dos 181 lincRNAs verificados como contendo as quatro características que osevidenciam como funcionais, por critério de serem os 26 lincRNAs mais correlacionados com genes codificadores de proteínas, segundo uma abordagem realizada por Vasconcelos et al., 2017. A transcrição reversa das amostras foi realizada com 100 ng de RNA total, com quatro réplicas biológicas obtidas para cada estágio de vida do parasita. Os dados gerados pelo Reverse Transcription-qPCR foram normalizados em relação à expressão do gene Smp_092920, e os p-valores foram determinados por one-way analysis of variance (ANOVA) e teste de Tukey. RESULTADOS: O resultado dos ensaios de RT-qPCR foi analisado pela comparação dos CT, segundo o método de Livak e Schmittgen, 2001. Foram detectados 16 de 26 lincRNAs testados em Reverse Transcription-qPCR, dentre os quais oito foram validados com expressão diferencial coerente com o estágio esperado, ou seja, o nível de expressão do lincRNA foi maior no ensaio de RTqPCR no mesmo estágio do parasita encontrado nas análises de RNA-Seq realizadas previamente. CONCLUSÃO: Foram detectados por RT-qPCR 16 lincRNAs em S. mansoni, dentre os quais oito foram validados como mais expressos no estágio de vida do parasita previsto por ensaios de RNA-Seq. Por possuírem grandes evidências de serem transcritos e estarem correlacionados à expressão de PC genes, os lincRNAs parecem participar de importantes processos vitais para o parasita como, por exemplo, modular as transformações de estágio de vida do mesmo
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    • ABNT

      LAVEZZO, Guilherme Miura; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio; AMARAL, Murilo Sena. Validação por PCR quantitativo da variação do nível de expressão de RNAs longos não-codificadores de proteínas entre os diferentes estágios do ciclo de vida do parasita Schistosoma mansoni. [S.l: s.n.], 2017.
    • APA

      Lavezzo, G. M., Verjovski-Almeida, S., & Amaral, M. S. (2017). Validação por PCR quantitativo da variação do nível de expressão de RNAs longos não-codificadores de proteínas entre os diferentes estágios do ciclo de vida do parasita Schistosoma mansoni. São Paulo.
    • NLM

      Lavezzo GM, Verjovski-Almeida S, Amaral MS. Validação por PCR quantitativo da variação do nível de expressão de RNAs longos não-codificadores de proteínas entre os diferentes estágios do ciclo de vida do parasita Schistosoma mansoni. 2017 ;
    • Vancouver

      Lavezzo GM, Verjovski-Almeida S, Amaral MS. Validação por PCR quantitativo da variação do nível de expressão de RNAs longos não-codificadores de proteínas entre os diferentes estágios do ciclo de vida do parasita Schistosoma mansoni. 2017 ;

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