Implementação do programa de docking LiBELa em linguagem Python (2023)
- Authors:
- USP affiliated author: OLIVEIRA, CAIO DE JESUS DE - IFSC
- School: IFSC
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; PYTHON; PROTEÍNAS; LIGANTES
- Language: Português
- Abstract: As proteínas são essenciais para a manutenção da vida. Seja em rotas de metabolismo de carboidratos, na ativação de respostas imunológicas, ou em qualquer outro processo biológico, essas macromoléculas são componentes obrigatórios para o seu funcionamento regular. Neste contexto, o estudo de interações entre proteínas e seus ligantes mostra-se cada vez mais relevante em estudos de biologia estrutural. Tendo em vista a imensa quantidade de forças e átomos envolvidos, o cálculo manual para a análise destas interações torna-se impraticável. A docagem molecular, ou molecular docking, é um termo que engloba todo método computacional que busca o melhor ajuste entre uma molécula pequena e um receptor proteico. Conhecendo a estrutura tridimensional das biomoléculas envolvidas, é possível empregar algoritmos de minimização da energia de interação e obter a conformação mais estável para um dado ligante. O programa LiBELa , acrônimo para Ligand Binding Energy Landscape, é um programa para cálculos de docking molecular desenvolvido no IFSC/USP e que foi originalmente escrito em linguagem C/C++. A fim de aumentar a disseminação deste algoritmo para a comunidade de biologia estrutural, propomos a adaptação do código fonte do LiBELa para a linguagem Python. Desse modo, será possível integrá-la a servidores remotos acessíveis pela internet como o Google Colab. Uma vez adaptado ao Python, buscamos também a avaliação da nova ferramenta a partir dos métodos de validação usuais, como o self-docking, o cross-docking e testes de enriquecimento frente a bases de dados como SB2021, PoseBusters e DUDE-Z.
- Imprenta:
- Place of publication: São Carlos
- Date published: 2023
-
ABNT
OLIVEIRA, Caio de Jesus. Implementação do programa de docking LiBELa em linguagem Python. 2023. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação) – Instituto de Física de São Carlos, Universidade de São Paulo, São Carlos, 2023. Disponível em: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/eff6ffdb-f5b0-4416-ba56-1fafa92b07ea/Caio%20de%20Jesus%20de%20Oliveira.pdf. Acesso em: 19 maio 2024. -
APA
Oliveira, C. de J. (2023). Implementação do programa de docking LiBELa em linguagem Python (Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação). Instituto de Física de São Carlos, Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/eff6ffdb-f5b0-4416-ba56-1fafa92b07ea/Caio%20de%20Jesus%20de%20Oliveira.pdf -
NLM
Oliveira C de J. Implementação do programa de docking LiBELa em linguagem Python [Internet]. 2023 ;[citado 2024 maio 19 ] Available from: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/eff6ffdb-f5b0-4416-ba56-1fafa92b07ea/Caio%20de%20Jesus%20de%20Oliveira.pdf -
Vancouver
Oliveira C de J. Implementação do programa de docking LiBELa em linguagem Python [Internet]. 2023 ;[citado 2024 maio 19 ] Available from: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/eff6ffdb-f5b0-4416-ba56-1fafa92b07ea/Caio%20de%20Jesus%20de%20Oliveira.pdf
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