Análise comparativa de classificadores taxonômicos de bioinformática para avaliação da abundância viral em amostras clínicas (2022)
- Authors:
- USP affiliated author: CAMPOS, GABRIEL MONTENEGRO DE - FMRP
- School: FMRP
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; GENÔMICA; VÍRUS; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO
- Keywords: Metagenômica viral; Classificadores taxonômicos; Abundância viral; Bioinformatics; Viral metagenomics; Taxonomic classifiers; Viral abundance
- Language: Português
- Abstract: Os métodos metagenômicos são uma das ferramentas mais poderosas para identificação de vírus emergentes ou pouco conhecidos. Com o advento das tecnologias de sequenciamento de nova geração (SNG), a diversidade do software que é utilizado para a análise dos dados tem crescido progressivamente. No entanto, a análise bioinformática dos dados gerados de SNG ainda apresenta um desafio significativo para a interpretação correta dos resultados. Isso deve-se principalmente a variabilidade dos programas (e pipelines) utilizados para classificação taxonômica de cada laboratório e as altas exigências computacionais para o processamento dos mesmos. Portanto, o principal objetivo deste projeto é comparar os softwares de taxonomia viral mais utilizados nas pipelines de metagenômica de vírus. Para esta finalidade os classificadores foram aplicados utilizando dados de sequenciamento obtidos de diversas amostras clínicas (plasma de pacientes com câncer de próstata, doenças febris não identificadas e doenças respiratórias negativas para SARS-CoV-2). Feito isso, também foi realizada a montagem dos genomas dos vírus identificados e os mesmos foram submetidos a análise filogenética com o intuito de investigar a epidemiologia molecular dos vírus. Com esse projeto foi possível verificar, de acordo com métricas estatísticas e questões de usabilidade, qual o melhor classificador e identificar quais linhagens de dois vírus específicos estão circulando nas amostras. Esse projeto permitiu a padronização de uma pipeline de classificação viral para a avaliação mais profunda no da abundância viral em diversos grupos de pacientes
- Imprenta:
- Place of publication: Ribeirão Preto
- Date published: 2022
-
ABNT
CAMPOS, Gabriel Montenegro de. Análise comparativa de classificadores taxonômicos de bioinformática para avaliação da abundância viral em amostras clínicas. 2022. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação) – Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2022. Disponível em: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/d5d386fb-157f-451d-83ce-586a57099679/TCC%20Gabriel%20Montenegro.pdf. Acesso em: 27 abr. 2024. -
APA
Campos, G. M. de. (2022). Análise comparativa de classificadores taxonômicos de bioinformática para avaliação da abundância viral em amostras clínicas (Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação). Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/d5d386fb-157f-451d-83ce-586a57099679/TCC%20Gabriel%20Montenegro.pdf -
NLM
Campos GM de. Análise comparativa de classificadores taxonômicos de bioinformática para avaliação da abundância viral em amostras clínicas [Internet]. 2022 ;[citado 2024 abr. 27 ] Available from: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/d5d386fb-157f-451d-83ce-586a57099679/TCC%20Gabriel%20Montenegro.pdf -
Vancouver
Campos GM de. Análise comparativa de classificadores taxonômicos de bioinformática para avaliação da abundância viral em amostras clínicas [Internet]. 2022 ;[citado 2024 abr. 27 ] Available from: https://bdta.abcd.usp.br/directbitstream/d5d386fb-157f-451d-83ce-586a57099679/TCC%20Gabriel%20Montenegro.pdf
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